第17話 　梟（フクロウ）の法廷

Mr.フリーズやファイアフライをはじめとする、ゴッサム・シティで最も凶暴な悪党たちの何人かが団結する中、リドラーは引き続き街を支配している。一方、答えを探し求めているゴードンは、どんな道を進もうがいつも“梟（フクロウ）の法廷”へと戻ってきてしまう。アルフレッドは、ブルースの変化に気づき始め、ブルース2はセリーナを信用して秘密を打ち明ける。

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第18話 　兵器の正体

ゴードンは、“梟（フクロウ）の法廷”がゴッサム・シティを壊滅させるために使おうとしている秘密兵器が何であるかを突き止めるが、捜査を進めるうちに次第に危険な道へと引き込まれていく。一方、キャサリンとシャーマンは、次の動きについてブルースに明かす。そしてアイビーが、セリーナを助けるためにやって来る。

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第19話 　罪と罰

テンプル・シャーマンは、ブルースに今後の計画について明らかにし、ブルースの訓練は次の段階へと進む。一方ゴードンとブロックは、クリスタルのフクロウに出くわし危機に陥ってしまう。クリスタルのフクロウは、ゴッサムの暗黒街で誰もが最も知りたがっている秘密につながる。そしてニグマとペンギンは、やっかいな状況から抜け出すために助け合わなければならなくなる。

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第20話 　放たれた狂気

アリス・テッチ・ウイルスからゴッサム・シティを守ろうと奔走するゴードンは、時間との戦いを余儀なくされ、レスリー・トンプキンスは自身の計画で邪魔をする。一方アルフレッドは、シャーマンの訓練を受けたブルースが著しく変化していることに気づく。そして、ゴッサムの最も凶悪な悪党たちの一部が結集する。

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第21話 　本当の自分

致死性ウイルスが街中に広がり、解毒剤を探す調査が続く中、フィッシュ・ムーニー、リドラー、ペンギンは、自分たちの計画を明らかにする。ブルースはラーズ・アル・グールに会い、運命に従って自分の最後の仕事を全うする。だが彼は、まだ自分が過去を忘れられないことに気づく。

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第22話 　希望の光

サード・シーズン・フィナーレ。ゴードンは、レスリー・トンプキンスの愛を取り戻そうとする。ゴッサム・シティでは同盟関係が壊れると、また新たな同盟関係が結成される。

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